Jest absolwentem Akademii Ekonomicznej w Poznaniu, doktorem nauk ekonomicznych. W latach 2001-2021 Prezydent Pracodawców Rzeczypospolitej Polskiej, najstarszej i największej organizacji pracodawców w Polsce, skupiającej ponad 19 000 przedsiębiorstw, zatrudniających przeszło 5 milionów pracowników. Od października 2019 r. do października 2020 r. przewodniczący Rady Dialogu Społecznego. Od 2022 r. Prezydent Honorowy Pracodawców Rzeczypospolitej Polskiej.

Pracował w administracji rządowej. W 1996 r. Prezes Rady Ministrów powierzył mu funkcję pełnomocnika do spraw organizacji Ministerstwa Gospodarki, następnie został w nim sekretarzem stanu. Współtworzenie koncepcji i organizowanie Ministerstwa Gospodarki zalicza do swoich najważniejszych osiągnięć zawodowych w administracji rządowej. Ten niezwykle ważny dla polskiej gospodarki resort działał w wypracowanym przez niego kształcie.

Poseł na Sejm, pełnił funkcję wiceprzewodniczącego Komisji Stosunków Gospodarczych z Zagranicą, był członkiem polskiej delegacji sejmowej do Zgromadzenia Parlamentarnego Rady Europy oraz zastępcą przewodniczącego Komitetu ds. Międzynarodowych Stosunków Gospodarczych Rady Europy. Pełnił także kierownicze funkcje w spółkach prawa handlowego.

Jako lider polskich pracodawców przewodniczył BIAC Polska – Komitetowi Doradczemu ds. Przemysłu i Handlu przy OECD. Członek Narodowej Rady Integracji Europejskiej. Przedstawiciel polskich pracodawców w Europejskim Komitecie Ekonomiczno-Społecznym. W 2005 r. został wybrany pierwszym wiceprezydentem Europejskiej Organizacji Pracodawców Przedsiębiorstw Sektora Publicznego. Jest również reprezentantem Pracodawców RP w Międzynarodowej Organizacji Pracodawców (IOE). W 2010 prezydent RP Lech Kaczyński powołał go na członka Narodowej Rady Rozwoju. W 2013 r. został wybrany na Przewodniczącego Międzynarodowej Rady Koordynacyjnej Związków Pracodawców na kadencję w latach 2014-2015.

Pasją Andrzeja Malinowskiego jest popularyzowanie idei przedsiębiorczości i zasad wolnego rynku. Uważa, że Polacy są niezwykle przedsiębiorczy, czego dowodzą od 1989 r. Szybko nauczyli się gospodarki rynkowej, potrafią z dużą intuicją ekonomiczną prowadzić swoje firmy i konkurować z najlepszymi.

Andrzej Malinowski został uhonorowany Krzyżem Komandorskim z Gwiazdą Orderu Odrodzenia Polski oraz innymi odznaczeniami państwowymi, a także Orderem Uśmiechu – przyznawanym przez dzieci za działania przynoszące dzieciom radość. Jeździ na nartach, gra w tenisa i w golfa.