Jakub Karnowski jest absolwentem Głównej Szkoły Handlowej w Warszawie oraz studiów MBA w Carlson School of Management i Hubert H. Humphrey Institute of Public Affairs na Uniwersytecie Minnesoty (USA).

Był członkiem Rady Dyrektorów wykonawczych w grupie Banku Światowego. Przewodniczył zarządowi funduszu inwestycyjnego PKO TFI S.A., polskich kolei państwowych PKP Polskie Koleje Państwowe S.A. oraz prywatnej grupy inwestycyjnej Luma Investment S.A. Był niezależnym członkiem rady nadzorczej w HSBC Bank Polska.

Jakub Karnowski jest stypendystą The Margaret Thatcher Foundation. Posiada dyplom licencjonowanego doradcy finansowego CFA. Był przewodniczącym Rady Nadzorczej „Ukrposhta” S.A. oraz niezależnym członkiem Rady Nadzorczej „Ukrzaliznycia” S.A. Objął stanowisko pierwszego zastępcy prezesa zarządu „KredoBank” S.A. 19 sierpnia 2024 r. Został wybrany przez radę nadzorczą na stanowisko Prezesa Zarządu 21 lutego 2025 r. na podstawie uzyskanej zgody zarządu Narodowego Banku Ukrainy. Objął stanowisko 1 marca 2025 r.