Mirosław Czekaj ma bogate, blisko 30-letnie doświadczenie w zarządzaniu dużymi podmiotami gospodarczymi, w tym bankami i instytucjami finansowymi.

W latach 1996-1997 był członkiem Rady Nadzorczej Pomorskiego Banku Kredytowego w Szczecinie. W latach 2004-2006 był wiceprezesem Banku Gospodarstwa Krajowego nadzorującym działalność komercyjną banku, współpracę z klientami komercyjnymi i samorządami a także zarządzanie siecią oddziałów. Obecnie w BGK nadzoruje obszar zarządzania strategicznego i finansów.

Od 2009 do 2016 r. pełnił funkcję wiceprzewodniczącego Rady Nadzorczej PKO Banku Polskiego oraz przewodniczącego Komitetu Audytu w tym banku.

Wielokrotnie był przewodniczącym lub członkiem rad nadzorczych, m.in. Miejskich Zakładów Autobusowych, Metra Warszawskiego, Miejskiego Przedsiębiorstwa Taksówkowego oraz Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej.

Od stycznia 2007 do kwietnia 2024 r. Mirosław Czekaj pełnił funkcję skarbnika m.st. Warszawy, gdzie był odpowiedzialny za m.in. gospodarkę i politykę finansową, skonsolidowaną sprawozdawczość ponad 1000 jednostek, podatki i księgowość.

Doktor habilitowany Mirosław Czekaj jest profesorem w Kolegium Nauk o Przedsiębiorstwie SGH w Warszawie, gdzie specjalizuje się w zagadnieniach naukowych dotyczących w szczególności finansów publicznych, w tym planowania budżetowego oraz sprawozdawczości finansowej. Jest autorem kilkudziesięciu publikacji o tej tematyce w krajowych i zagranicznych czasopismach naukowych.