Marcin Eckert jest absolwentem Harvard Business School, gdzie ukończył Advanced Management Program. Jest także absolwentem programu Leadership Academy for Poland oraz Wydziału Prawa i Administracji na Uniwersytecie Mikołaja Kopernika w Toruniu.
Wcześniej związany z grupą PZU, w której od 2017 roku sprawował funkcję Dyrektora Zarządzającego ds. Korporacyjnych. W latach 2019-2021 członek Zarządu PZU SA oraz PZU Życie SA. W ramach Grupy PZU odpowiadał m.in. za strategię i projekty, Biuro Administracji, Biuro Nadzoru Korporacyjnego, Biuro Nadzoru nad Spółkami Zagranicznymi oraz Pion Technologii Informatycznych. W latach 2018-2020 członek i wiceprzewodniczący Rady Nadzorczej Alior Bank S.A. oraz przewodniczący Rady Nadzorczej PZU Zdrowie SA, od czerwca 2020 do czerwca 2021 roku wiceprzewodniczący Rady Nadzorczej Banku Pekao SA. Obecnie przewodniczący Rady Nadzorczej Totalizator Sportowy Sp. z o. o.
Od 2001 roku wykonuje zawód radcy prawnego. Specjalizuje się w tematyce prawa handlowego, prawa podatkowego oraz prawa pracy. Przed zatrudnieniem w Grupie PZU piastował stanowisko Senior Associate w Bird & Bird Szepietowski i Wspólnicy (lider praktyki Benefits & Compensation). Uprzednio związany również z TGC Tax Advisers sp. z .o. o. (dyrektor Działu Podatkowego), Mazars Audyt Sp. z o. o. (dyrektor Działu Prawno-Podatkowego) oraz Ernst & Young (Senior Manager).